数学者・教育行政官。洋学者箕作秋坪(旧姓菊池)の二男。幕末・明治初期に、2度イギリスに留学し、ケンブリッジ大学で数学・物理学を学ぶ。明治10(1877)年帰朝後、東京大学教授となる。21年理学博士。23年貴族院議員に勅選。文部省専門学務局長、文部次官を経て、31年東京帝国大学総長。34年第1次桂内閣の文相となる。35年男爵。41年京都帝国大学総長。その後帝国学士院長、枢密顧問官。大正6(1917)年初代理化学研究所長。
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