国立国会図書館は、立法府である国会に属し、衆・参両議院議長、具体的には両院の議院運営委員会の監督のもとにあります。両院の議長は、両議院の議院運営委員会と協議の後、国会の承認を得て当館の館長を任命します。また、館の運営に必要な諸規程や館の予算については、両院の議院運営委員会が審査、承認を行うことになっています。
　館長・副館長（1名）を含む職員数は、890名（平成22年4月現在）。一般の職員は公開の試験によって採用されます。
　国立国会図書館は、中央の図書館（総務部、調査及び立法考査局、収集書誌部、資料提供部、主題情報部、関西館）、国際子ども図書館及び行政・司法各部門の支部図書館（27館）とで構成されています。
　行政・司法各部門の支部図書館は、政府各府省と最高裁判所におかれ、所属する府省等の職員に図書館サービスを行うとともに、中央館や支部図書館相互間で文献の貸借等を行い、国の発行する出版物の納入窓口ともなっています。この支部図書館制度は、世界の国立図書館に例を見ない独特のものです。

• 国立国会図書館組織図

　平成21年3月31日、支部契約が終了し、支部東洋文庫は廃止されました。なお、財団法人東洋文庫の閲覧サービスは引き続き行われています。